Histoire

L'histoire se déroule en l'an 1191, lors de laTroisième Croisade. Le joueur dirige un certain Altaïr. « Al-taïr » en arabe signifie « oiseau », le personnage agissant comme un oiseau de proie pendant les assassinats. "Altaïr" est aussi l'étoile la plus brillante de la constellation de l'Aigle, ce qui peut amener à comparer Altaïr à un aigle perché (sur les toits) attendant le moment propice pour fondre sur sa proie.

Altaïr était un Maître Assassin jusqu'au moment où il échoua dans une mission. La Fraternité des Assassins le rétrograda au rang des Initiés, le plus bas. Altaïr devra donc accomplir de nouvelles missions pour retrouver son rang et son honneur. Comme le titre du jeu l'indique, cet Altaïr est un assassin agissant en représailles de ces exécutions arbitraires.

/!\ SPOILER /!\     Finissez le jeu avant de lire cette partie, c'est un conseil

Le scénario est l'histoire de l'ancêtre de Desmond Miles, un autre personnage du jeu vidéo mais vivant au XXI^e siècle, jeune homme capturé par Abstergo, une organisation qui veut mettre la main sur un puissant artefact. Il y est séquestré par Lucy et Vidic, des scientifiques (dans un dialogue avec Lucy, Desmond se rend compte que Lucy est un assassin). A la fin du jeu, les assassins du XXI^e siècle veulent récupérer l'Orbe d'Eden qui leur appartenait. Cette orbe a soi-disant séparé la Mer Rouge en deux et provoqué la Guerre de Troie, il aurait été aussi utilisé par le Christ pour changer l'eau en vin selon Al Mualim. L'orbe possède divers pouvoir dont celui de contrôler l'esprit des personnes. Dans l'histoire, le joueur peut donc incarner tour à tour Desmond et Altaïr, Desmond s'allongeant sur une machine appelé « Animus » lui permettant de revivre les souvenirs de son ancêtre. S'ensuit une série de 9 assassinats visant les hauts membres des Croisés et des Sarasins : Tamir (Damas), Garnier de Naplouse (Saint Jean d'Acre), Talal (Jérusalem), Abu'l-Nuqoud (Damas), Guillaume de Montferrat (Saint Jean d'Acre), Majd Addin (Jérusalem), Jubair Al Hakim (Damas), Sibrand (Saint Jean d'Acre), Robert de Sablé (Jérusalem, puis Arsouf) et enfin Al Mualim (Masyaf).

À la fin de cette série, Altaïr se rend compte qu'il est victime d'une machination et tue son maître Al-mualim (nom qui en arabe signifie « le maître » ou « le sage ») qui en est l'auteur. De retour dans le présent, Desmond Miles est lui aussi conscient de ce complot et des expériences qui ont été faites sur lui. Le jeu se termine par une vision d'aigle ou il perçoit d'étranges signes écrits en sang sur le mur de sa chambre, signes de croyances diverses et vestiges de la personne séquestrée avant lui. Mais l'histoire n'est pas finie puisque "Assassin's Creed" sera donc une trilogie...